Du fait de l'existence de 3 formes et du phénomène de portage latent et réactivation, les symptômes cliniques d’une infection par les herpèsvirus 1 et 4 sont assez variables. Dans le cas de la forme primaire respiratoire, généralement, les jeunes chevaux vont développer des signes particulièrement marqués, alors que l’infection de chevaux plus âgés passe souvent inaperçue.
Comme pour beaucoup d’infections virales, une augmentation de la température corporelle (pouvant atteindre 41°C) est le signe d’appel.
L’atteinte respiratoire est très semblable à la grippe, les symptômes les plus courants sont:
Chez la jument gestante, une infection à EHV est un réel danger. C'est en effet la cause virale d'avortements la plus fréquente. Lorsque le virus se répand dans un élevage non vacciné, on peut observer jusqu'à 90% d'avortements. Celui-ci se produit généralement tardivement, entre 8 et 11 mois de gestation sans symptôme préalable. Il est à noter que l'infection peut avoir lieu jusqu'à plusieurs mois avant l'avortement.
Remarque : les herpèsvirus de type 2, 3 et 5 ne causent pas d'avortement.
Dans de rares cas, la rhinopneumonie peut mener à une atteinte du système nerveux avec comme conséquence une ataxie de degrés variable pouvant évoluer en paralysie. L’apparition des symptômes peut être soudaine, sans symptôme respiratoire antérieur visible, et arrive souvent dans la deuxième semaine après l’infection.
Hors période de réactivation virale, ces chevaux ne montrent pas de signes cliniques, mais l’infection peut à tout moment être réactivée avec ou sans symptômes associés, ce qui entrainera une ré-excrétion du virus plus ou moins importante et la possible contamination d’autres chevaux. Cette réactivation se produit souvent à la suite d’un stress ou d’un épisode de fatigue (transport, effort intense…). Ce phénomène, typique des virus herpès, rend très difficile le contrôle de cette infection virale.